A solicitud del director internacional Marco Antonio Díaz de la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO) de París, en 1998 el Dr. Eduardo Aponte sometió una propuesta para una Cátedra de Educación Superior como parte de la RED UNITWIN de Cátedras UNESCO. La propuesta que dio curso a la creación de la cátedra incluía el desarrollo de un doctorado en Investigación de la Educación Superior, un centro de estudios y seminarios de gestión.  Estos seminarios tienen el propósito de propiciar la transformación, colaboración y desarrollo de las instituciones en la región de las Américas, el Caribe y la comunidad de conocimiento internacional. Finalmente, el convenio para la creación de la cátedra se firmó en el año 1999 por el Dr. Federico Mayol, quien fungía como Director General de la UNESCO y el Dr. George Hyllier, entonces Rector del Recinto de Río Piedras de la Universidad de Puerto Rico.

Con la reclasificación del Recinto de Río Piedras a una Institución de Investigación Doctoral, en el año 2000, y con una asignación de ‘fondos semilla’  se inician las gestiones de la cátedra, en el 2001, con una lección magistral de inauguración en la que participaron miembros de UNESCO y del Instituto Internacional de la UNESCO para la Educación Superior en América Latina y el Caribe (IESALC). Entre los años 2001-2005,el doctor Aponte inició la gestión de conocimiento y de colaboración de la cátedra con la doctora Ángeles Molina como coordinadores. Trabajos de investigación de profesores universitarios sobre la educación superior se han presentado en foros, y conferencias auspiciadas por la cátedra, el Consejo de Educación Superior, el Decanato de Estudios Graduados e Investigación y el Departamento de Estudios Graduados de la Facultad de Educación.

En los últimos años se han organizado conversatorios y varios seminarios y colaboraciones con invitados internacionales.  Los seminarios y colaboraciones fueron organizados por la doctora  María de los Ángeles Ortiz con la colaboración del Decanato de Educación Continuada (DECEP) y el Departamento de Estudios Graduados de la Facultad de Educación (DEG), se llevaron a cabo en el verano de 2006 y 2007.  Los mismos contaron con la participación de estudiosos como el Dr. Miguel Escotet, el Dr. Clyde Barrow, el Dr. Claudio Rama, el Dr. Axel Didriksson, y el Dr. Luis Yárzabal.  También se organizó un seminario para estudiantes graduados en la primavera del 2007 a cargo del Dr. Claudio Rama; y en una Conferencia de Investigación en la Educación, el Dr. José Ginés Mora tuvo a su cargo un seminario para estudiantes graduados en torno al Tratado de Bolonia y las Competencias de Egresados de Instituciones de Educación Superior.

El Programa Doctoral de Investigación en Educación Superior (Ph.D), el Centro de Estudios de la Educación Superior (CEES) y los Seminarios de Gestión y Colaboración constituyen los ejes principales de la iniciativa de la cátedra para adelantar la misión de conocimiento, internacionalización y lazos de colaboración del recinto con la comunidad de educación superior local e internacional. El proyecto que se propone para la consolidación del CEES representa un avance meritorio para adelantar la creación, difusión y espacios de colaboración sobre la educación superior en la región de las Américas y el Caribe.

Durante el período 2002 – 2005 un comité del Departamento de Estudios Graduados en la Facultad de Educación (DEG) desarrolló la propuesta para crear el Doctorado en Investigación en Educación Superior, que luego fue revisada por los profesores Eduardo Aponte, María de los Ángeles Ortiz, María Medina y María Soledad Martínez, de acuerdo con las recomendaciones del  Decanato de Estudios Graduados e Investigación (DEGI). La reciente revisión del documento aborda los cursos medulares del doctorado desde los siguientes cuatro ejes temáticos principales:

1. Sociedad, conocimiento y desarrollo en Educación Superior
2. Historia y desarrollo de Instituciones de Educación Superior
3. Economía y finanzas de Instituciones de Educación Superior
4. Política pública, gobernanza y gerencia de Instituciones de Educación Superior